Il passato storico di Formentera è particolare, difatti è stupefacente sapere che l'isola è rimasta disabitata per gran parte della sua storia. Il primo insediamento megalitico conosciuto risale al 2000 A. C, ed è visibile a Ca Na Costa, mentre le prime notizie cartografiche arrivano nel periodo cartaginese. Le prime notizie sulle caratteristiche dell'isola risalgono ai Romani che, pare la usassero come punto di difesa dalla già più sviluppata Ibiza. Gli Arabi la dominarono nel Medioevo ed usata ancora come anteposto difensivo dagli attacchi dei pirati. Nel 1235 avvenne la riconquista spagnola dell'isola per opera di Giacomo 1° e la presenza Catalana durò fino al 15° secolo. La grossa crisi economiche che avvenne intorno al 400 e il continuo attacco dei pirati provocarono lo spopolamento dell'isola che veniva però usata solo per scopi militari. Nel 18° secolo tornò ad essere abitata con un reale decreto di ripopolamento datato 1695.

La storia di Formentera inizia negli anni 1800-1600 a.C.; di questo periodo il sepolcro megalitico di “Ca Na Costa” (vicino a Es Pujols) e i villaggi di Es Cap di Barbaria.

Dopo un periodo durante il quale è rimasta spopolata, appaiono le vestigia di culture come quella fenicia, punica e romana; di quest'ultima epoca rimangono i resti del “castellum di Can Blai”, lungo la strada di La Mola. Durante l'occupazione araba ci doveva essere una popolazione stabile a Formentera, in quanto rimangono resti di abitazioni, pozzi e cisterne che risalgono a questa epoca.

L'occupazione araba delle isole termina nell'anno 1235, data della Conquista Catalana di Ibiza e Formentera da parte di Jaime I. A questa epoca risale la Cappella Romanica di “Sa Tanca Vella”, a Sant Francesc Xavier, costruita nell'anno 1336. Durante il Medioevo e il Rinascimento, Formentera continua a essere popolata solo occasionalmente da parte di abitanti dell'isola di Ibiza.

E' solo a partire dal 1695 che inizia la storia moderna dell'isola. Durante questo anno, la Corona dona l'isola di Formentera a Marc Ferrer, in pagamento per i servizi prestati. In questo modo, inizia l'ultima e definitiva ripopolazione dell'isola. Alcuni anni più tardi, nel 1726, viene eretta la prima chiesa di Formentera, dedicata a San Francisco Javier, construita come una fortezza nella quale fosse possibile rifugiarsi e difendersi dagli attacchi dei pirati. A questa stessa epoca risalgono le Torri di difesa dell'isola del Espalmador, di Punta Prima, di Es Pi des Català, di Es Cap di Barbaria e della Punta de La Gavina. Fin dal secolo XIX si costruirono le chiese di El Pilar, a La Mola e quella di San Fernando. Con il passare del tempo si iniziarono a creare alcuni piccoli nuclei di popolazione intorno alle chiese, sebbene la maggiore popolazione continuasse a essere dispersa in piccole casette coloniali.

E' nella seconda metà del secolo XX e soprattutto a partire dagli anni ' 60 e '70 che a Formentera inizia l'industria turistica. Parallelamente all'incipiente industria turistica, alla fine degli anni '60 inizió il movimento hyppie a Formentera, fatto questo che ha segnato profondamente la personalità dell'isola. Da qui sono passati Bob Dylan, King Crimson, Pink Floyd, Kevin Ayers, Chris Rea... Formentera ha sempre attratto una moltitudine di artisti che nell'isola trovano ispirazione per la loro attività creativa.

Formentera, nel corso degli anni, ha saputo mantenere una industria turistica sviluppata, pur con una personalità sua propria, differenziata da quella di Ibiza, un ambiente di relax e tranquillità basato su piccole strutture di carattere familiare.